在第3部里说的很清楚了，总有一些人不甘于沉浸于虚拟世界，像是墨菲斯啊，三一啊，他们认为虚拟世界是机器控制了人类，他们要反抗，要推翻虚拟世界的现状。为了控制这种不安因素，主控电脑在虚拟世界里创建了矩阵。一个大的虚拟世界，里面套了一个小的虚拟矩阵世界。你们不是要反抗吗？那就给你们一个可以反抗的世界。在这个世界里恶梦成真，机器把人当劲量电池来用，地球上只剩废墟和无尽阴云，机器章鱼穿行下水道猎杀一切反抗者。

尼奥不是救世主，也不是人，只是程序异常的集合体，其实第二部末尾尼奥能在战舰世界（墨菲斯等人认为的现实世界）里使用黑客能力，他的异常存在就已初露端倪。建筑师不是人，神谕老太不是人，锁匠也不是人，都是程序。在矩阵里所谓人类最后的城市锡安其实已经被摧毁又重建了7次，每当发展到一定的限度，主控电脑就抹掉锡安的存在，从头开始。相当于按了复位键，或者用网游的话说，重开新服务器。

在虚拟世界之外，到底是什么样的，整个三部黑客帝国都没有说。或许如同矩阵一样，机器控制人。或许矩阵只象是一个游戏，有些平常世界的人会进来玩玩，不过投入得很彻底。

黑客帝国里Zion是真实世界吗？

这说明你没看明白黑客帝国。我简单解释：黑客帝国三部曲完结后，实际上已经说明了人类早已毁灭，zion城也是虚拟世界的一部分。zion和机器之城是一个世界，而且同处于虚拟世界。只不过这个虚拟世界比救世主他们进入的那个系统更高一层。既然zion和机器之城同处于更高层的虚拟世界，那么底层虚拟世界中的史密斯强大后当然可以攻陷整个黑客帝国更高层的虚拟世界导致系统崩溃。接着说，为什么要有两层虚拟世界？因为最真实的人类世界已经在核战争中全军覆没，机器一方要靠本来要靠太阳能吸收能量，但是核战后地球已经被黑云遮挡住阳光，机器进化通过吸取人体的生物能获得能量，而所谓的残存的人类，反抗的人类实际上也不存在。正如第二部黑客帝国之父所说，救世主是第六代了，zion也被毁灭了五次，这次只不过是照常运转的程序罢了。这里又有一个问题：那就是为什么这个程序要这样运行？因为机器要创造一个完美的黑客帝国系统，以使人类都生活在虚拟中，但因为人的反抗意识，机器就不得不创造一个第二层虚拟世界，使得反抗的人类以为他们在反抗。人类反抗意识也可以理解为机器创造黑客帝国的不完美性，这种不完美使得系统运行每次都会出现一个余数，这个余数是救世主和zion反复出现的原因。

《黑客帝国》里，怎样解释Neo可以在现实世界中对抗电子乌贼？

(⊙o⊙)…很简单啊。人类在矩阵里是的精神体，肉体在现实中，尼奥，墨菲丝，崔妮蒂等都是人类。而通过在矩阵中锻炼提高了精神力，而精神力强大到一定程度除了在矩阵中无法无天，同时在现实世界中也是有体现的。所以尼奥作为佼佼者在现实世界里能对抗电子乌贼了，一道精神力发出就能击毁好几只，当然太多乌贼他也处理不了。